سید محمد حسینی در سال ۱۳۴۰ در شهر کشکوئیه از توابع شهرستان رفسنجان به دنیا آمد. وی از اولین دانشجویان دانشگاه امام صادق به‌شمار می‌رود و در سال ۱۳۶۸ در مقطع کارشناسی ارشد در رشته معارف اسلامی و علوم سیاسی از این دانشگاه فارغ‌التحصیل شد. حسینی سپس به دانشگاه تهران رفت و دکترای خود را در رشته فقه و مبانی حقوق اسلامی اخذ کرد.
حسینی به مدت ۴ سال رایزن فرهنگی ایران در کنیا بود و پس از آن در انتخابات میان‌دوره‌ای مجلس پنجم از شهر رفسنجان به مجلس راه یافت. او در مجلس پنجم از استیضاح کنندگان عطاالله مهاجرانی وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی دولت خاتمی بود.
سید محمد حسینی در سال ۱۳۸۸ و توسط محمود احمدی‌نژاد به عنوان وزیر پیشنهادی دولت برای وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی به مجلس شورای اسلامی معرفی و در روز ۱۲ شهریور همان سال با کسب اکثریت آرا انتخاب شد. در دوران تصدی وی به عنوان وزیر ارشاد، خانه سینمای ایران منحل و چندین نشریه توقیف شد. او برادر سید حمید حسینی است.
وی در تاریخ ۲۹ مردادماه ۱۴۰۰ طی حکمی از سوی سیدابراهیم رئیسی به عنوان معاون پارلمانی رئیس‌جمهور ایران منصوب شد.
